Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren (PDPontren) mengelola layanan pendidikan keagamaan Islam non-formal dan pesantren di Kabupaten Temanggung. Meliputi rekomendasi bantuan, perizinan operasional Madrasah Diniyah, LPQ, dan Pondok Pesantren, serta konsultasi aplikasi EMIS 4.0.

Seksi Pendidikan Agama Islam (PAIS) bertugas mengelola layanan terkait guru pendidikan agama Islam, meliputi konsultasi aplikasi SIAGA, pembayaran Tunjangan Profesi Guru (TPG), dan rekomendasi mutasi guru.

Seksi Pendidikan Madrasah bertugas mengelola dan mengawasi penyelenggaraan pendidikan madrasah di Kabupaten Temanggung. Melayani proses perizinan pendirian, perubahan, penutupan madrasah, rekomendasi pengangkatan kepala madrasah, bantuan madrasah, serta pengesahan surat keterangan pengganti ijazah.

Seksi Bimbingan Masyarakat Islam (Bimas Islam) melayani kebutuhan masyarakat dalam bidang keagamaan Islam, meliputi rekomendasi Majelis Taklim, bantuan Masjid/Mushalla, pengukuran arah kiblat, konsultasi perkawinan, bimbingan calon pengantin, dan bimbingan remaja usia sekolah.

Penyelenggara Zakat Wakaf bertugas mengelola dan mengawasi pelaksanaan zakat dan wakaf di Kabupaten Temanggung. Meliputi pembinaan regulasi bagi KUA, fasilitasi sertifikasi tanah wakaf, dan fasilitasi kerja sama pengelolaan zakat wakaf.

Penyelenggara Katolik melayani kebutuhan masyarakat Katolik di Kabupaten Temanggung, khususnya dalam bidang rekomendasi bantuan sarana prasarana dan bantuan guru pendidikan agama Katolik.

Penyelenggara Buddha melayani kebutuhan masyarakat Buddha di Kabupaten Temanggung dalam bidang rekomendasi bantuan, izin operasional lembaga pendidikan keagamaan, serta verifikasi dan validasi tanda daftar lembaga keagamaan Buddha.